【负责人介绍】

　　刘宇，博士,研究员，博士生导师。入选国家海外高层次人才引进计划青年项目，上海市东方学者岗位计划。本科毕业于南开大学生命科学学院，研究生就读于北京协和医学院，随后于美国儿童肿瘤专科排名第一的St. Jude Children’s Research Hospital计算生物学系完成博士后训练。现任上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心儿科转化医学研究所PI。

　　【研究方向与成果】

　　儿童肿瘤基因组学的计算与临床转化研究

　　课题组致力于儿童肿瘤基因组学研究，结合新一代的测序技术，开发计算生物学分析方法，整合分析多组学高通量测序数据研究儿童肿瘤基因组中的致病变异，并探索基因组学在临床诊疗中的转化应用。近年来作为主要完成人，（1）通过泛基因组分析（Pan-Cancer Analysis），绘制包括6种主要类型儿童肿瘤的体细胞变异图谱，发现多个新的驱动基因变异，从基因组水平明确儿童肿瘤不是成人肿瘤的缩微版，为儿童肿瘤的精准医疗奠定了理论基础和数据支撑（Nature 2018）；（2）深入解析儿童T细胞急性淋巴细胞白血病基因组变异图谱，揭示了驱动基因变异间的协同作用是决定其生物学功能的关键（Nature Genetics 2017）；（3）针对增强子、绝缘子等DNA调控区域基因组变异开发了新的计算生物学分析模型cis-X，实现了针对单一肿瘤基因组的非编码功能变异分析，突破了既往基因组研究局限于编码区的限制，进而发现新的肿瘤致病变异和基因，为肿瘤的精准诊疗提供新的靶点（Nature Genetics 2020，Cancer Discovery 2018）；（4）基于基因组分析的临床转化研究，探索基因组分析应用于临床诊断及治疗方式的选择（Nature Communications 2016）。

　　【代表性论著】

1. Yu Liu#,* , C. Li#, S. Shen#, X. Chen, K. Szlachta, M. Edmonson, Y. Shao, X. Ma, J. Hyle, S. Wright, B. Ju, M. Rusch, Ya. Liu, B. Li, M.Macias, L. tian, J. Easton, M. Qian, J. Yang, S. Hu, A. T. Look, J. Zhang*. Discovery of regulatory noncoding variants in individual cancer genomes by using cis-X. Nature Genetics doi: 10.1038/s41588-020-0659-5. Online ahead of print (2020).

2. X. Ma#, Yu Liu#, Yanling Liu, L. B. Alexandrov, M. Edmonson, C. Gawad, X. Zhou, Y. Li, M. C. Rusch, J Easton, R. Huether, V. Gonzalez-Pena, M. Wilkinson, L. C. Hermida, S. Davis, E. Sioson, S. Pounds, X. Cao, R. E. Ries, Z. Wang, X. Chen, L. Dong, S. J. Diskin, M. A. Smith, J. M. G. Auvil, P. S. Meltzer, C. C. Lau, E. J. Perlman, J. Maris, S. Meshinchi, S. P. Hunger, D. S. Gerhard and J. Zhang*. Pan-cancer genome and transcriptome analyses of 1,699 pediatric leukemias and solid tumors. Nature 555, 371-376 (2018).

3. M. W. Zimmerman#, Y. Liu#, S. He, A. D. Durbin, B. J. Abraham, J. Easton, Y. Shao, B. Xu, S. Zhu, X. Zhang, Z. Li, N. Weichert-Leahey, R. A. Young*, J. Zhang* and A. T. Look*. MYC drives a subset of high-risk pediatric neuroblastomas and is activated through mechanisms including enhancer hijacking and focal enhancer amplification. Cancer Discovery 8, 320-335 (2018).

4. Y. Liu, J. Easton, Y. Shao, J. Maciaszek, Z Wang, M. R. Wilkinson, K. McCastlain, M. N. Edmonson, S. B. Pounds, L. Shi, X. Zhou, X. Ma, E. Sioson, Y. Li, M. Rusch, P. Gupta, D. Pei, C. Cheng, M. A. Smith, J. G. Auvil, D. S. Gerhard, M. V. Relling, N. J. Winick, A. J. Carroll, N. A. Heerema, E. Raetz, M. Devidas, C. L. Willman, R. C. Harvey, W. L. Carroll, K. P. Dunsmore, S. S. Winter, B. L. Wood, B. P. Sorrentino, J. R. Downing, M. L. Loh, S. P. Hunger*, J. Zhang* and C. G. Mullighan*. The genomic landscape of pediatric and young adult T-lineage acute lymphoblastic leukemia. Nature Genetics 49, 1211-1218 (2017).

5. Y. Liu#, J. Zhang#, L. Li#, G. Yin#, J. Zhang#, S. Zheng, H. Cheung, N. Wu, N. Lu, X. Mao, L. Yang, J. Zhang, L. Zhang, S. Seth, H. Chen, X. Song, K. Liu, Y. Xie, L. Zhou, C. Zhao, N. Han, W. Chen, S. Zhang, L. Chen, W. Cai, L. Li, M. Shen, N. Xu, S. Cheng, H. Yang, J. J. Lee, A. Correa, J. Fujimoto, C. Behrens, C. W. Chow, W. N. William, J. V. Heymach, W. K. Hong, S. Swisher, Wistuba, II, J. Wang, D. Lin, X. Liu, P. A. Futreal*, Y. Gao*. Genomic heterogeneity of multiple synchronous lung cancer. Nature Communications 7, 13200 (2016).