医院始建于1952年，是琼南唯一三级甲等公立妇幼专科医院，2017年与上海儿童医学中心建立托管协作模式医联体，2021年起由上海儿童医学中心按照“品牌、管理、技术”三平移原则实施全面托管，于2022年5月正式获批国家儿童区域医疗中心并于2023年更名为上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心海南医院，加挂三亚市妇幼保健院和三亚市妇女儿童医院牌子。

总建筑面积约21万平方米，编制床位1000张，目前开放床位500张，占地10万平方米，妇儿相关临床保健专科40个，职工近1000人，二期项目已于2022年10月全面开工，总投资额12.73亿，一二期联动将打造立足琼南、辐射海南、面向东南亚，集医教研防管为一体的，海南一流、国内领先的现代化妇女儿童医学中心和国家儿童区域医疗中心。